近日，复旦大学代谢与整合生物学研究院王红阳院士及其合作团队在Nature Cancer在线发表题为“Spatial single-cell protein landscape reveals vimentinhigh macrophages as immune-suppressive in the microenvironment of hepatocellular carcinoma”的研究论文，该研究利用空间单细胞蛋白图谱揭示了高弧度巨噬细胞在肝癌微环境中的免疫抑制作用。研究主要内容肝癌是癌症相关死亡的第三大原因。

因此，超过30%的2型糖尿病患者最终需依赖外部胰岛素。总的来说，这项研究提供了使用自体E胰岛治疗2型糖尿病患者的初步证据。

糖尿病是一种严重威胁人类健康的疾病。对于胰岛素依赖型糖尿病患者，目前常用的外源胰岛素注射难以实现对血糖的精确调控，这导致多种并发症的发生，并严重影响患者的生活质量。临床胰岛移植可以使患者完全摆脱胰岛素注射，实现疾病的治愈。但人原代胰岛组织的稀缺导致胰岛移植的应用受到了极大的限制。人多能干细胞具备在体外稳定的自我更新能力和向人体各种细胞分化的潜能，是体外大量制备人体细胞的理想种子细胞。然而，人多能干细胞分化的功能细胞普遍面临细胞功能不成熟、细胞状态类似于胚胎发育期的问题，这种不成熟性限制了人多能干

骨骼肌约占我们人体40%总干重，是维持机体运动、呼吸、代谢、分泌等基本生理功能的重要组织。自然衰老过程中，骨骼肌的许多功能不可避免地随之发生衰退，主要表现为肌肉质量流失、肌无力、代谢异常并伴发慢性炎症。而持续、严重的骨骼肌衰退将引发肌少症（Sarcopenia）——一种主要发生在老年群体中的渐进性骨骼肌萎缩疾病。衰老伴随的骨骼肌萎缩无力是导致老年人自如活动受限、跌摔后骨折瘫痪的主要原因之一。骨骼肌强大的生理功能维系于其特化的不同类型多核骨骼肌纤维、骨骼肌干细胞、神经胶质细胞（施旺细胞）、基质细胞、免疫细胞等多

在生物的进化历程中，性别是最为基本、最为重要的生物特征之一。性别差异广泛存在于人类的发育、生理和疾病发生发展进程中。在非生殖系统的癌症中，男性和女性的发病率比例约为 2∶1，在膀胱癌、食道癌和喉癌等一些癌症中该比例接近甚至高于4∶1，且绝大多数癌症在男性中往往具有更差的预后。与癌症相反，自身免疫性疾病则高发于成年女性，其患者中女性比例高达80%【1】。性别差异与多种遗传和环境因素之间具有重要关联，其中，雄激素水平的差异一直被认为是导致性别差异的重要因素之一【2】。然而，“雄激素如何调控性别差异？”仍不清晰

2024年2月28日，首都医科大学宣武医院王思课题组联合中国科学院动物研究所刘光慧以及北京大学第三医院于洋等课题组，在Protein Cell杂志在线发表题为Aging hallmarks of the primate ovary revealed by spatiotemporal transcriptomics的研究论文。

然而，目前尚无偏倚鉴定与活细胞中和内源性环境中特定 RNA 区域相互作用的 RBP 的方法。本文中作者发展了一种RNase H介导的交联RNA结合蛋白提取方法TREX，对活细胞中内源性RNA-蛋白相互作用进行无偏的位置定位。

本文中作者将高通量组织质谱成像技术与高通量单细胞质谱技术整合，通过深度学习将两者的数据进行匹配，从而对组织中单细胞的生物分子进行表征。在这一流程中，首先通过质谱成像对组织切片进行检测，同时也分离出单细胞进行单细胞组学检测。

染色质修饰，特别是组蛋白乙酰化，在应答环境变化的基因表达调控机制中起重要的作用。过去的研究认为细胞能量代谢水平会影响染色质修饰和相关基因的表达。目前，组蛋白乙酰转移酶感知细胞能量代谢水平的变化的生化基础，以及调控染色质修饰的动态平衡的机制还不清楚。

肿瘤的分子机制研究是对其进行预防、诊断和治疗的关键。这种创新的空间血液蛋白组学策略将为揭示肿瘤发生发展的机制研究提供有力的手段。该研究提出了一种创新的空间多维度蛋白质组学研究范式，应用于肿瘤的分子机制研究。

但目前仍缺少系统、全面的软骨细胞图谱景观且软骨细胞的空间分布状态仍未知。近年来，高通量单细胞组学与空间组学测序技术的成熟与发展，为研究者们从多维度、多层面探究KOA异质性问题提供了可能。这两种细胞类型仅分别占细胞总数的1.1%和0.39%，且显著富集于KOA患者软骨组织中。

Bulk RNA 测序技术只能反映样本中的平均基因表达，因此很难了解肿瘤的异质性和肿瘤微环境。单细胞RNA测序技术可通过识别不同的细胞亚群、剖析肿瘤微环境和描述细胞基因组突变，为了解肿瘤生物学的细微变化提供了可能性。最后，作者对scRNA-seq 技术在癌症研究中进行了展望。

由于涉及Treg细胞耗损的治疗策略受到并发自身免疫性疾病的限制，因此需要确定肿瘤内Treg细胞特异性调节机制以进行选择性靶向。在这方面，一些分子或途径已被证明对肿瘤内Treg细胞具有特异性。然而，目前尚不清楚是否存在对肿瘤内Treg细胞重要而对外周Treg细胞不重要的表观遗传调控机制。

近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所肖军课题组在Molecular Plant在线发表了题为“Systemic identification of wheat spike development regulators by integrated multiomics, transcriptional network, GWAS and genetic analyses”的研究论文，通过结合多维组学、群体遗传学和基因功能解析等多种研究手段，提出了一种系统高效鉴定关键调控因子的策略。

近日，上海科技大学生命科学与技术学院戚炜课题组在学术期刊Advanced Science上在线发表题为“BMP-ACVR1 Axis is Critical for Efficacy of PRC2 Inhibitors in B-Cell Lymphoma” 的研究论文，阐明了PRC2抑制药物通过激活BMP-ACVR1通路抑制B细胞淋巴瘤生长的新机理。戚炜课题组长期研究表观遗传蛋白机器PRC2在肿瘤及其他重大疾病中的病理机制和功能, 并进行创新药物研发。

在这项探索性蛋白质组学研究中，来自瑞典哥德堡大学神经科学研究所的研究者们分析了情绪稳定型双相情感障碍患者和两个独立队列中的对照受试者的脑脊液中的201种蛋白质，共204名患者和144名对照。总之，这项对双相情感障碍患者进行的探索性脑脊液研究表明，与对照组相比，双相情感障碍患者的脑脊液生长激素浓度较低。

特别是单细胞染色质可及性测序数据，能够以前所未有的分辨率表征表观组的异质性和调控模式。为此，厦门大学王颖、南开大学陈盛泉课题组联合开发了一个对不同单细胞染色质开放性测序数据，进行异质双联体细胞有效识别并去除的新工具。与其他方法相比，scIBD在识别doublet的准确性和后续的生物分析上具有卓越表现。

文章描述了一种非接触超声辅助的高通量微量的磷酸化蛋白质组学策略。该策略基于一种可控温的非接触超声仪来快速酶解蛋白，且针对微量样本优化了后续磷酸化富集流程，整个工作流程只需3小时就可完成24个磷酸化蛋白质组学样品的制备。

通过使用嵌入信息，DeepCCI将细胞分成若干组。此外，DeepCCI还提供了几个可视化输出，以显示每个细胞簇与其他细胞簇相互作用的强度或特异性。结果表明，DeepCCI在从scRNA-seq数据中捕捉细胞之间的生物学关系和CCI预测方面具有良好的潜力。e, DeepCCI联合使用ResNet和GCN预测细胞簇之间的相互作用。

基于基因增强子与启动子远程通讯的特点，他们猜测IKAROS可能通过调控基因组的3D构象来实现对淋巴细胞相关基因的时空调控并限制非相关基因的表达。研究者继而以Igk抗体轻链基因簇为例，全面揭示了IKAROS对基因组的拓扑结构调控。