今日给大家介绍一篇发表在Nature Methods上的文章TREX reveals proteins that bind to specific RNA regions in living cells，文章的通讯作者是伦敦大学玛丽女王学院的Faraz K. Mardakheh和Lovorka Stojic，其研究方向分别为癌症进展中的多组学和RNA介导的相关机制。

RNA 分子的不同区域通常可以与不同的 RNA 结合蛋白进行特定的相互作用，从而产生不同的 RNA 调控和功能模式。然而，目前尚无偏倚鉴定与活细胞中和内源性环境中特定 RNA 区域相互作用的 RBP 的方法。本文中作者发展了一种RNase H介导的交联RNA结合蛋白提取方法TREX，对活细胞中内源性RNA-蛋白相互作用进行无偏的位置定位。

作者主要利用了RNase H靶向降解与DNA杂交的RNA序列的特性，结合了2019年发展的RBP相分离富集方法XRNAX，发展了一种特定序列RNA的结合RBP富集方法。作者首先通过光交联的方法形成RNA与RBP的交联产物，然后加入感兴趣RNA序列的DNA片段，使感兴趣的RNA与DNA形成杂交体，随后加入的RNase H就可以特异性地降解目标RNA序列，将结合在该段区域上的RBP释放为游离蛋白，因此可以通过相分离的方法特异性富集出这部分蛋白。

作者随后将这一方法应用于了U1 snRNA\NORAD ND4段\45S等RNA的相互作用RBP的富集，以较少数量的细胞作为输入验证了已知的U1 snRNP蛋白与其RNA的相互作用，并且揭示了NORAD lncRNA最保守片段的直接结合伙伴，最后还生成了人类45S rRNA的综合区域相互作用组图谱。

总之， 作者发展了一种以RNA为核心的RBP鉴定方法TREX，可以以可观的回收率靶向富集感兴趣RNA区域的RBP，其使用的RNase H及反义DNA核酸链又具有极低的成本，有望帮助研究者准确、高效和区域特异性地绘制 RNA-RBP 相互作用图谱。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-024-02181-1

文章引用: 10.1038/s41592-024-02181-1