乳腺癌是全球女性中最常见的恶性肿瘤，也是导致癌症相关死亡的主要原因，2020年全球报告了230万新发病例和68.5万死亡病例。新辅助化疗已成为乳腺癌的标准治疗，其反应性与乳腺癌患者的预后显著相关。

然而，不同的乳腺癌患者对新辅助化疗的敏感性不同。如果肿瘤对新辅助化疗不敏感或耐药，在接受新辅助化疗期间，疾病就有可能会进展，甚至延误患者的手术时机。因此，解析与乳腺癌新辅助化疗相关的分子特征、精准筛选对新辅助化疗响应的乳腺癌患者是乳腺癌治疗领域亟待解决的重要临床及科学问题。

近日，山东大学第二医院乳腺疾病诊疗中心余之刚教授团队在Genome Medicine期刊上发表了文章Genomic and transcriptomic analysis of breast cancer identifies novel signatures associated with response to neoadjuvant chemotherapy。

研究团队首先纳入了50例在山东大学第二医院接受新辅助化疗的乳腺癌患者，收集了肿瘤反应性评估信息齐全，治疗前及治疗后的233份乳腺癌肿瘤组织及外周血标本。通过全外显子和转录组测序分析，他们构建了新辅助化疗前后乳腺癌基因组和转录组的分子特征图谱，发现单核苷酸变异C>A的比例在新辅助化疗后的肿瘤组织中明显下降。

无论是在治疗前还是治疗后的肿瘤组织中，体细胞突变频率最高的基因是TP53、TTN和MUC16；在新辅助化疗后，肿瘤细胞DNA修复通路基因的突变率及该通路基因的表达水平下调；新辅助化疗还改变了免疫检查点基因的表达水平（LAG3、SIGLEC15）以及肿瘤浸润免疫细胞和基质细胞的成分（B细胞、活化的树突状细胞、γδT细胞、M2巨噬细胞和内皮细胞）。

进一步，研究团队还利用体外实验、内部及外部队列验证确定了CDKAL1P409L、ADGRA2、ADRB3基因表达是乳腺癌新辅助化疗耐药及不良预后的新型生物标志物。因此，该研究揭示了乳腺癌新辅助化疗前后的关键分子特征，有利于筛选可以从新辅助化疗中受益的患者，为乳腺癌临床精准治疗提供新证据。